Свети Наум Охридски црквата ја подигнал во 900 година и ја посветил на Светите архангели Михаил и Гаврил. Во 910 година, по смртта, Свети Наум бил погребан во малата капела во црквата. Капелата е украсена со прекрасни фрески со сцени од животот и чудата на Свети Наум. Подоцна, во времето на турското владеење, црквата била целосно разурната. Денешната црква била изградена во неколку фази во периодот помеѓу XVI и XVII век врз темелите на старата црква. Во црквата денес не е сочувана фреско-декорацијата од X век, а постојните фрески биле насликани во 1806 година. Друг карактеристичен елемент во црквата е нејзиниот иконостас во позлатена резба, изработен во 1711 година, заедно со повеќето икони.