In Midden-Europa bewoont deze kikker gebieden van 600 tot 800 meter boven zeeniveau, terwijl in de zuidelijke regio’s, waaronder het Balkanschiereiland, hij stijgt tot veel grotere hoogten tot 2.300 m (Arnold, 2002). De boomkikker geeft voorkeur aan dichte vegetatie, hetzij met struiken of bomen, hetzij in de wetlands. Hij is vooral een nacht- of schemersoort, maar is hij soms overdag actief, vooral als het weer is warm en vochtig. Hij paait in rustige gematigde wateren. Het paarseizoen begint van maart tot mei. De boomkikker overwintert op de grond. Binnen het NPG komt de soort het meest voor in de moerassen naast de meren, natte bergweiden, open bosgebieden, op een hoogte tot 1500 m.
Volgens Europese documenten wordt de soort beschermd in overeenstemming met: Habitatrichtlijn – Dier- en plantensoorten die belangrijk zijn voor de Unie en die strikt worden beschermd 92/43/EEG (Bijlage IV), Verdrag inzake het behoud van in het wild voorkomende dier- en plantensoorten en de natuurlijke leefmilieus in Europa (BERN) – Bijlage II – strikt beschermde faunasoorten.