De soort is wijdverspreid in een groot deel van Europa, met uitzondering van de noordelijke en centrale delen. De moerasschildpad wordt meestal gevonden in stilstaand of langzaamstromend water, begroeid met waterplanten en weelderige waterplanten, zoals vijvers, meren, rivieren, kanalen, moerassen en sloten. Zijn paarseizoen is in de lente, en de eieren worden dicht bij het water begraven. De incubatie van de eieren duurt 65 tot 100 dagen, afhankelijk van de temperatuur. Seksuele volwassenheid bij mannetjes komt tussen 6 en 12 jaar, en bij vrouwtjes tussen 14 en 18. De moerasschildpad overwintert voornamelijk in water, en minder frequent op het land. In NPG is deze soort beperkt tot de moerassige gebieden langs de oevers van beide meren. Als onderdeel van ons veldonderzoek is de aanwezigheid van moerasschildpad geregistreerd in de bronnen van St. Naum en in de moeras Stenje.
Volgens Europese documenten wordt de soort beschermd in overeenstemming met: Habitatrichtlijn 92/43/EEG – Bijlage II: Dier- en plantensoorten die belangrijk zijn voor de Unie en voor de instandhouding waarvan aanwijzing van speciale beschermingszones is vereist; Bijlage IV: Dier- en plantensoorten die belangrijk zijn voor de Unie en die strikt worden beschermd, Verdrag inzake het behoud van in het wild voorkomende dier- en plantensoorten en de natuurlijke leefmilieus in Europa (BERN) – Bijlage II strikt beschermde faunasoorten.